現代競馬における4大メジャー父系の祖(ノーザンダンサー、ナスルーラ、ターントゥ、ネイティヴダンサー)の一頭に数えられるネイティヴダンサーではあるが、「ネイティヴダンサーの隔世遺伝」という言葉が表す通り、直仔より孫に大物が多いという特徴がある。レイズアネイティヴの仔ミスタープロスペクターとアリダー、ダンキューピッドの仔シーバード、ダンシングキャップの仔オグリキャップなど、歴史的名馬は計ったようにネイティヴダンサーから1代離れている。
ダビスタ96にはネイティヴダンサー直系種牡馬が13頭収録されており、うち9頭がレイズアネイティヴ系、3頭がエタン系である。当然ながら、すべての馬が血統内にネイティヴダンサーを持っており、ナスルーラやグレイソヴリンでスピードを補強できたりレイズアネイティヴで底力アップを狙えたりと血統面で魅力的な馬が多いが、多くはパラメータが中途半端なせいで締め種牡馬としてはややパンチ不足で、どちらかと言えば母父や母母父として活用される機会が多い。